《寶可夢 朱／紫》延續了主系列作品的基本玩法，玩家可以透過捕捉或交換以獲得稱為寶可夢的生物，並與寶可夢一同探索帕底亞地區、與其他訓練家進行對戰，與以往不同的是，本作玩家可以自主選擇是否與路上的NPC訓練家對戰。
本作的地圖為開放式世界，包括城鎮和廣闊的自然景觀，兩者之間沒有明確的邊界。此外，遊戲劇情共有三條路線可供選擇，完成目標的順序與進度皆取決於玩家。
遊戲中共新增了110種新的寶可夢，包括三種新的初始寶可夢：草貓寶可夢「新葉喵」、火鱷寶可夢「呆火鱷」與小鴨寶可夢「潤水鴨」，以及兩種版本限定的傳說寶可夢：《寶可夢 朱》的「故勒頓」與《寶可夢 紫》的「密勒頓」。
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