主角和赫普獲得了冠軍丹帝的認可，前往各個城鎮進行道館挑戰。與此同時，彼特和瑪俐也和主角一起展開了各自的冒險。寶可夢博士木蘭的助手索妮亞在伽勒爾各地開始調查劍和盾的傳說。彼特為了獲得許願星，破壞了遺跡，被取消了道館挑戰的資格，但卻意外獲得了道館館主波普菈的賞識，成為了新任道館館主。索妮亞最終獲得了木蘭博士的認可，成為了新的伽勒爾地區的寶可夢博士。寶可夢聯盟會長洛茲為了獲取無限能源而在能源工廠喚醒了無極汰那，但吸收了許願星能量的無極汰那失控並開始吸收全伽勒爾地區的極巨化能量，進行了無極巨化。主角和赫普藉助了傳說中的英雄的力量擊敗了無極汰那，拯救了伽勒爾地區。伴隨著各自的成長，最終，主角戰勝了丹帝，成為了伽勒爾地區的新任冠軍。瑪俐也繼承了哥哥聶梓的職位，成為了尖釘鎮的新任館主。 在成為了冠軍以後，主角和索尼婭以及勁敵赫普一起到各地的道館，協助道館館主解決了由於被強行注入大量伽勒爾粒子而極巨化後失控的寶可夢，並且成功地收服了傳說中的英雄，破壞了西索雙人組的陰謀。事後西索雙人組表達了歉意，以及對主角的尊敬。
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