冒險的舞台是以人與寶可夢共存的城市為目標，推動都市再開發的「密阿雷市」。
與在2013年發售的《寶可夢 X》《寶可夢 Y》中登場的「密阿雷市」相比，城市裡的花草樹木更多，還能見到充滿最新科技氣息的設備。
「密阿雷市」這座城市，咖啡館、餐廳和店家林立的廊街等人們生活的空間，與綠意盎然的公園和水邊等自然環境彼此共存。城市的中心聳立著作為象徵的稜鏡塔。
因旅行而造訪密阿雷市的主角，將入住名為「旅館Z」的老舊旅館。以這個地方做為據點，與在密阿雷市相遇的夥伴們一起挑戰城市裡發生的各種大小事與事件。
在大企業闊星公司推動都市再開發的密阿雷市裡，存在著為了實現和寶可夢共存而打造的「野生特區」。野生寶可夢們棲息在這個由最新技術整備的區域中，在這裡可以與牠們對戰或是投擲精靈球捕捉牠們。
「ZA登峰戰」是實力獲得認可的訓練家才能受邀參加的戰鬥，以此決定出最強的寶可夢訓練家。這個大賽的參賽者會被賦予從Z到A的各個「級別」。所有的參賽者皆從Z級開始，透過在寶可夢對戰中贏過其他參賽者，朝升級邁進。到達A級後，將被賦予最強的稱號和名譽，並且能夠實現一個願望。寶可夢對戰的實力得到認可的主角，將與同為ZA登峰戰參賽者的蓋伊或塔霓一同投身這場激烈的戰鬥。
在密阿雷市，不時能見到超越進化的進化――「超級進化」。如何純熟運用「超級進化」，很可能成為掌握勝負的關鍵。
當訓練家與寶可夢之間有強烈的牽絆時，訓練家配戴在身上的「鑰石」與寶可夢攜帶的「超級石」產生共鳴，就能進行「超級進化」。
主角身上配戴著崁入了「鑰石」的「超級環」。似乎也有訓練家會以不同的形式將「鑰石」配戴在身上。
《寶可夢傳說 Z-A》的戰鬥不同於以往《寶可夢》系列裡1回合行動1次的模式，寶可夢會和訓練家一起移動，並同時根據訓練家的指示使出招式。
除了屬性相剋之外，增添了替換寶可夢和選擇招式的時機、招式的可達範圍以及出招速度等新的遊戲要素，可以享受前所未有的寶可夢對戰也是本作的一大樂趣。
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程＊＊