2040 年，遠離地球的移民行星 —— 伊甸星，
名為「超新星計畫」的次世代主力可變型戰鬥機選拔賽正在新艾德華基地舉行。
勇・戴森雖然擁有出眾的駕駛技術，但由於缺少協調性而被視為問題人物，
因此被分配去擔任開發新型機 YF-19 的試飛員。
在那裡，他與競爭對手 YF-21 的試飛員，同時也是他兒時玩伴的葛德・高爾・伯門再度相會。
兩人曾因為另一位兒時玩伴妙・潘容發生爭執，一度絕交。
巧合的是，此時妙也以人氣虛擬偶像莎朗・艾波製作人的身份來到了伊甸星。
三人於時隔七年重逢之際，本來應沒有意志的 AI 莎朗萌生了自我。
隨後，莎朗的人工智慧陷入失控狀態。
在地球上的馬克羅斯市舉行的宇宙大戰停戰紀念儀式中，她對人們進行洗腦，造成很大的混亂。
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